Klubun yaranması 1950-ci illərin əvvəllərinə təsadüf edir. 1951-ci ildə Ağdam şəhər stadionunun tikintisi başa çatdıqdan sonra klubun da peşəkar bir idman təşkilatı kimi formalaşdırılmasında ciddi işlər görüldü. Yarandığı gündən sonra bir müddət “Məhsul adı ilə çıxış edən “Qarabağ” ilk dəfə 1966-cı ildə Azərbaycan çempionatında iştirak edib. Həmin il klub çempionatı 4-cü yerdə başa vurub. “Qarabağ” 4 il ardıcıl olaraq ölkə birinciliyində mübarizə apardı.

Bu illər ərzində ən yaxşı nəticəni 1968-ci ildə 2-ci yeri tutmaqla qazandı. Lakin 1968-ci ildən sonra baxımsızlıq üzündən komanda uzun müddət ölkə çempionatlarında təmsil olunmadı. 1977-ci ildə “Qarabağ” yenidən “Şəfəq” adı ilə bərpa edildi. Elə həmin il “Şəfəq” Azərbaycan çempionatının 2-ci dəstəsində yarışdı. “Şəfəq” 1982-ci ilə qədər Ağdam futbolunun yeganə təmsilçisi oldu.

1982-ci ildən 1987-ci ilə qədər isə klub “Kooperator” adı ilə yarışlara qatıldı. “Qarabağ” ilk dəfə Azərbaycan çempionu adına 1988-ci ildə layiq görülüb. Qeyd edək ki, bu çempionluq hələ Azərbaycan keçmiş SSRİ-nin tərkibində olarkən qazanılmışdı. Həmin çempionluqdan sonra “Qarabağ” SSRİ çempionatının 2-ci dəstəsinə vəsiqə qazandı. 1989-cu ildə “Qarabağ” SSRİ çempionatının 9-cu zonasında yarışdı. 1990-cı ildə SSRİ çempionatının 2-ci dəstəsinin zona yarışlarında dəyişiklik edildiyindən “Qarabağ” Azərbaycan çempionatının zona yarışlarında iştirak etmək məcburiyyətində qaldı.

1991-ci ildə SSRİ dağılandan sonra Azərbaycanın müstəqil futbol çempionatı təşkil olundu. “Qarabağ” Azərbaycanın yeganə klublarından biridir ki, indiyə qədər keçirilən bütün mövsümlərdə iştirak edib. Təbii ki, müstəqillik illərində “Qarabağ”ın ağır günləri də az olmayıb. 1993-cü ildə Ağdam şəhəri ermənilər tərəfindən işğal olunduqdan sonra komanda “qaçqın klub” kimi fəaliyyət göstərib. 1993-cü ildə komandamız Azərbaycan çempionu titulunu və ölkə kubokunu qazanıb. “Qarabağ” ölkə futbolu tarixindəki ilk “Qızıl dubl”un müəllifi kimi Superkubokla da təltif olunub. Təbii ki, bundan əlavə klub maddi sıxıntılardan da ciddi əziyyət çəkirdi. Məhz bu səbəbdən 1998-2001-ci illərdə ölkə çempionatının güclülər dəstəsində zəif nəticə göstərdi. Üstəlik maddi vəziyyət klubun aparıcı futbolçularının da “Qarabağ”ı tərk etməsinə gətirib çıxartdı.

Bütün bu problemlər 2001–ci ildə Azərbaycanda fəaliyyət göstərən ən böyük holdinqlərdən biri “Azərsun” şirkətinin komandanı sponsorluğa götürməsindən sonra həll olundu. Xeyirxah əməlləri ilə nəinki Azərbaycanda, hətta bütün şərqdə, türk dünyasında ad qazanan “Azərsun” Holdinq şirkəti “Qarabağ”ı unutdurmamaq üçün əməli işə girişdi. Tez bir zamanda şirkətin prezidenti Abdulbari Qoozalın bilavasitə şəxsi köməkliyi ilə komandanın maddi problemləri həll olundu. İmkansızlıq ücbatından digər klublara keçmiş keçmiş “Qarabağ”lılar heyətə qaytarıldı. Həmin dövrdən klub “Qarabağ-Azərsun” adlandırıldı. Təbii ki, yeni sponsorun qayğısı komandanın nəticəsinə də təsir göstərəcəkdi. 2001-ci ildə “Qarabağ-Azərsun” ölkə çempionatında 9–cu yeri tutsa da qarşıdakı mövsümə hazırlıq işləri ciddi gedirdi və klubun qarşısına ən yüksək yerləri tutmaq vəzifəsi qoyulmuşdu. Lakin Azərbaycan futbolunda baş verən məlum hadisələrdən sonra ölkəmizdə 2001-2002-ci ildə çempionat yarımçıq dayandırıldığından qarşıya qoyulan məqsədə çatmaq mümkün olmadı.

2003-cü ildə “Qarabağ-Azərsun”un rəhbər strukturunda bir sıra dəyişikliklər aparıldı və Tahir Gözel komandanın vitse-prezidenti təyin edildi. Tahir Gözelin kluba gəlişindən sonra “Qarabağ”ın tarixində sanki yeni səhifə açıldı. Komandanın ölkə çempionatında uğur qazanması üçün bütün imkanlar səfərbər edildi. Və məhz bu səylərin nəticəsi idi ki, 2003-2004-cü illər mövsümündə “Qarabağ” uzun fasilədən sonra yenidən Azərbaycan çempionatının mükafatçıları sırasında yer aldı və birinciliyin bürünc medallarını qazandı. 2004-2005-ci il mövsümünə isə “Qarabağ” daha iddialı başlamaq fikrindəydi. Bu məqsədlə rəhbərlik İsveçdə yaşayan həmyerlimiz, təcrübəli məşqçi İqor Ponomaryovu baş məşqçi postuna təyin etdi. Qısa zamanda ölkənin ən aparıcı futbolçuları heyətə cəlb olundu. Onların arasında yığma komandamızda top qovan futbolçular çoxluq təşkil edir. Daha bir məqamı da qeyd edək ki, məhz Tahir Gözelin təşəbbüsü ilə 2004-cü ildə “Qarabağ”ın tarixi adı özünə qaytarıldı və komanda yenidən bu adla adlandırılmağa başlandı. Bundan başqa Tahir bəy kluba yeni loqotip də hazırlatdırdı. İngiltərədə xüsusi dizaynerlərin hazırladığı bu loqotipdə “Qarabağ”ın simvolu olan atlar təsvir olunub. Onları isə futbolun müxtəlif atributları bəzəyir. Klubumuz 2006-cı ildə Böyükağa Ağayevin baş məşqçiliyi altında ölkə kubokunun sahibi oldu.

2008-ci ilin avqustunda klub rəhbərliyi baş məşqi postuna Qurban Qurbanovu gətirdi. Klub rəhbərliyinin bu addımı "Qarabağ"ımızın tarixində yeni səhifə açdı. Qurban Qurbanov elə ilk mövsümündə Azərbaycan kubokunun qalibi oldu. 2009/10 və 2010/11-ci illər mövsümündə komandamız çempionatı bürünc medallarla başa vurdu. Növbəti mövsümü 4-cü pillədə başa vuran komandamız 2012/13-cü ildə yenidən bürüncün sahibi oldu. 2013/14-cü illər mövsümündə isə "Qarabağ"ımızın çempionluq həsrəti başa çatdı, Qurban Qurbanovun yetirmələri qızıl medalların sahibi oldu. Bu çempionluqdan başlayaraq 2014/15, 2015/16, 2016/2017 və 2017/18, 2018/19, 2019/20-ci illər mövsümündə çempionluq ünvanını özündə qorudu. 2014/15, 2015/16 və 2016/17-ci illərdə isə komandamız çempionatla yanaşı, Azərbaycan kubokunun da qalibi olaraq ardıcıl 3 dəfə "qızıl dubl" edərək yeni bir tarix yazdı. 2020/21 mövsümündə əldə olunan gümüş medalın ardından komandamız 2021/22 mövsümündə həm çempionluq, həm kuboku qazandı. Bir il sonra isə sayca – 10-cü qızıl medalla "Qarabağ" loqosuna ikinci ulduzu əlavə etdi.

2023/24 mövsümü 6-cı “Qızıl dubl”la nəticələnib. 11-ci dəfə (1993, 2013/2014, 2014/2015, 2015/2016, 2016/2017, 2017/2018, 2018/2019, 2019/2020, 2021/2022, 2022/2023, 2023/2024) Azərbaycan çempionu olan komandamız 8-ci dəfə (1993, 2005/2006, 2008/2009, 2014/2015, 2015/2016, 2016/2017, 2021/2022, 2023/2024) ölkə kubokuna sahib çıxıb. “Qarabağ” hər üç göstəricidə - çempionluq, kubok və “Qızıl dubl” sayında özünün sahib olduğu rekordu yeniləyib.

Komandamız ardıcıl 10 dəfə UEFA-nın klub turnirlərinin qrup mərhələlərinə vəsiqə qazanmaqla Azərbaycan futbolunda tarix yazıb. "Qarabağ" 8 dəfə Avropa Liqası, 1 dəfə Çempionlar Liqası, 1 dəfə isə Konfrans Liqasının qrup mərhələsində iştirak edib. Komandamız 2021/22 mövsümündə Konfrans Liqasının qrup mərhələsini keçməklə Azərbaycan futbolu tarixində növbəti ilkə nail oldu. Bir il sonra “Qarabağ” eyni uğuru təkrarladı. 2023/24 mövsümündə isə növbəti ilk qeydə alındı. “Qarabağ” Avropa  Liqasında qrup ikincisi olmaqla Azərbaycan futbolu tarixinə bu turnirdə pley-offa yüksələn ilk komanda kimi düşüb. Pley-off səddini də uğurla adlayan komandamız 1/8 finala adını yazdırmaqla tarixdə yeni səhifə açıb.

2017/18-ci illər mövsümündə Çempionlar Liqasının qrup mərhələsində "Çelsi" (İngiltərə), "Atletiko" (Madrid, İspaniya) və "Roma" (İtaliya) kimi nəhəng klublarla mübarizə aparan komandamız qrupda 2 xal topladı və dünyada öz adından söz etdirdi.